Promovendus benut evolutie - Promotie Bart van Beusekom

Eiwitten zijn de moleculaire machines die het leven aansturen. Om ze goed te kunnen begrijpen, zijn gedetailleerde 3D-eiwitstructuurmodellen nodig, die uniek inzicht geven in de biologie en daarmee onder andere nieuwe medicijnen helpen ontwikkelen. De 3D-vouwing van een eiwit is namelijk van groot belang voor het uitvoeren van zijn functie. Het maken van betrouwbare eiwitstructuurmodellen is echter moeilijk en arbeidsintensief. Daarom ontwikkelde onderzoeker Bart van Beusekom met collega's van het Antoni van Leeuwenhoek software die duizenden eiwitstructuurmodellen optimaliseert zodat ze completer zijn en minder fouten bevatten. Van Beusekom: "Daardoor kunnen we de biologie beter begrijpen. Automatisering bespaart bovendien waardevolle tijd van wetenschappers. Maandelijks gebruiken meer dan 10.000 mensen onze software."

De methoden die ze ontwikkelden gebruiken veelvuldig het concept homologie. Van Beusekom: "Homologe eiwitstructuren blijven op elkaar lijken gedurende de evolutie. De eiwitten die DNA kopiëren, bijvoorbeeld, zijn bijna identiek in mensen en chimpansees, maar zelfs die van tomaten hebben een vergelijkbare 3D-structuur. De bestaande data van al opgeloste homologe structuren wordt meestal niet optimaal benut bij het oplossen van een nieuwe. Daarom hebben we een website gemaakt waarop wetenschappers snel kunnen zien waar en hoe een structuurmodel verschilt van zijn homologen. Onze methoden zijn de eerste die systematisch alle homologe eiwitstructuurmodellen gebruiken om nieuwe modellen op verschillende manieren te verbeteren."

Meer weten? Download hier het proefschrift van Bart van Beusekom.

Praktische informatie over de verdediging staat op de website van de Universiteit Utrecht.